Sekolah Kebangsaan Ayer Kuning ini bermula dalam tahun 1946 dengan nama Sekolah Melayu Air Kuning, Kampar Perak. Tujuan menubuhkan sebuah sekolah di sini ialah bagi menampung keperluan kanak-kanak ditempat ini yang hendak bersekolah. Sebelum ini ibu bapa yang tidak mahu anak-anaknya terbiar tanpa mendapat pelajaran, mereka telah bersusah payah menghantar anak-anak mereka belajar ke Sekolah Kebangsaan Temoh iaitu lebih kurang 10 KM jauhnya daripada tempat ini. Oleh sebab tidak mahu keadaan ini berterusan, maka beberapa orang penduduk tempatan yang berpengaruh telah mengambil inisiatif atau daya usaha bagi menubuhkan sebuah sekolah ditempat ini.
Pada peringkat awal penubuhan sekolah ini, ditempatkan dengan menumpang di bawah sebuah surau sahaja (sekolah sementara) bermula dengan Darjah 1 seramai lebih kurang 30 orang murid. Pada tahun 1947 iaitu pada tahun berikutnya, sebuah kelas lagi telah ditambah menjadikan dua buah kelas iaitu Darjah 1 dan Darjah 2, begitulah seterusnya hingga ke tahun 1950 telah menjadi 5 buah kelas kesemuanya iaitu Darjah 1 hingga Darjah 5. Walau bagaimanapun, murid Darjah 5 yang hendak naik ke Darjah 6 pada tahun 1951 terpaksa juga pergi ke Sekolah Kebangsaan Temoh kerana Darjah 6 tersebut tidak dapat diadakan pada masa itu.
Pada tahun 1956 telah dimulakan kerja-kerja mendirikan sebuah bangunan sekolah yang kekal bertempat di Kampung Jawa Air Kuning ini di atas tapak seluas enam ekar. Pembinaan tersebut terpaksa dihentikan pada separuh jalan kerana ia hendak dipindahkan ke Kampung Baru Air Kuning pula.Sebab-sebab berlaku pemindahan projek ini ialah telah dibuat kajian semula bahawa tempat itu tidak sesuai. Setelah bangunan tersebut siap pada penghujung tahun 1956, murid-murid yang belajar menumpang dibawah sebuah surau itu telah dipindahkan ke bangunan kekal yang lebih selesa.
Pada awal tahun 1979 projek bangunan sekolah baru telah dimulakan iaitu bangunan dua tingkat mengandungi tujuh buah bilik darjah serba lengkap dan sebuah kantin iaitu bagi menggantikan bangunan lama yang tidak mampu menampung murid-murid yang semakin ramai. Projek tesebut siap pada akhir tahun itu dan telah mula digunakan pada awal tahun 1980. Bangunan lama telah dijadikan bilik guru, bilik agama dan surau sekolah. Bilik pelajaran Moral dan Stor Alat Pendidikan Jasmani mulai tahun 1983.
Sekolah ini telah mengambil inisiatif meningkatkan aktiviti kokurikulum secara aktif sejak 1984. Kelab-kelab, persatuan-persatuan telah ditubuhkan dan telah menjalankan kegiatannya seminggu sekali iaitu setiap hari Selasa mulai jam 3.30 petang hingga 5.30 petang. Ahli-ahlinya menjalankan pelbagai aktiviti dengan pimpinan guru-guru penyelaras. Aktiviti kemuncaknya ialah mengadakan pertandingan-pertandingan pada akhir tahun dan memberikan haduah-hadiah pada hari ucapan dan penyampaian hadiah. Sekolah ini juga tidak ketinggalan mengambil bahagian dalam pelbagai pertandingan sama ada peringkat kelompok atau peringkat daerah.
Pada tahun 2002 sebuah makmal komputer telah didirikan dengan bekalan 13 unit komputer yang boleh digunakan dalam pembelajaran. Makmal komputer ini juga mempunyai kemudahan internet. Melalui sistem teknologi ini guru dan pelajar akan lebih mudah mengikuti perkembangan isu semasa dengan lebih cepat dan mudah selain daripada memupuk dan memberi pendedahan kepada pelajar berkaitan sains dan teknologi dalam menuju era 2020. Sekolah ini juga mempunyai kemudahan ASTRO yang ditempatkan di Pusat Sumber Sekolah. Murid-murid akan didedahkan dengan rancangan TV pendidikan yang disiarkan di ASTRO berdasarkan buku Intisari Rancangan Tahunan daripada pihak ASTRO.
Sehingga tahun 2008, sekolah ini mempunyai seramai 230 orang pelajar dan merupakan sekolah Gred A.
